Эмиль Лотяну родился в 1936 году в деревне Клокушна Окницкого района. В 1944 году, во время войны, Эмиль Лотяну остался в Рэдэуцах вместе со своим отцом (Владимиром), а его брат Марчел сопровождал мать (Татьяну) в Бухарест. Затем он учился в средней школе Святого Саввы в Бухаресте. В декабре 1949 года, осиротев, он нелегально перешел Прут, укрывшись в доме своих бабушек и дедушек в Коленкэуц. Его поймали и передали румынским пограничникам, которые отправили его в Бухарест, где его мать работала в советском посольстве. В 1950 году, когда семья Лотяну жила недалеко от Студии Сахио, в их доме снимали художественный фильм «Побеждает жизнь». Он пытался сдать экзамен в Национальный университет театра и кино в Бухаресте, но его документы о допуске были отклонены, передает moldpres.md
В 1952 году Эмиль Лотяну попросил репатриации и вернулся в Клокушну, чтобы продолжить изучение кино в Москве, потому что ему отказали в Бухаресте. В 1953-1954 гг. — актер Драматического театра им. А. С. Пушкина в Кишиневе. Преподавал актерское мастерство в Театральном училище Академического театра искусств (МХАТ) в Москве (1954–1956) и режиссуру в Союзном институте кинематографии (ВГИК) в столице СССР (1956–1962). После окончания режиссерского факультета в 1962 году работал на киностудии «Молдова-фильм», а с 1973 по 1983 год работал режиссером на киностудии «Мосфильм» в Москве.
В 1985 году вернулся в Молдавскую ССР, где с 1987 по 1992 год занимал пост председателя Союза кинематографистов. Эмиль Лотяну сыграл важную роль в формировании двух выпусков режиссеров в Высшей школе режиссуры. Он основал «Экспериментальное творческое объединение Феникс-М», театрально-киножурнал «Волшебный фонарь», был автором телешоу «В поисках звезды». Он также был руководителем курса актеров театра и кино в Институте искусств в Кишиневе. Среди молодых актеров Эмиля Лотяну можно назвать Светлану Тома, Григоре Григориу, Виктора Чутак, Марию Сагайдак, братьев Виктора и Мирчу Соцки-Войническу и др.
Эмиль Лотяну является автором многочисленных полнометражных и короткометражных фильмов, представленных примерно на 50 фестивалях и ретроспективах во многих городах мира: Буэнос-Айрес, Балтимор, Будапешт, Хельсинки, Токио, Лондон, Монреаль, Париж, Рим, Рио-де-Жанейро, во всех республиках бывшего СССР. В особенности «Лучафэрул» (1986), «Мой ласковый и нежный зверь» (1978), «Драма на охоте», «Анна Павлова» (1883), «Золотые цыгане Москвы», «Красные поляны» (1966) и другие.
За заслуги в области режиссуры ему присвоено звание Заслуженного мастера искусств МССР (1969), Народный артист РФ (1980), звание почетного члена Международной киноакадемии Nike. Он также был награжден Государственной премией, Орденом Республики, а в 2001 году — Премией за выдающиеся достижения в области режиссуры, присужденной в Румынском Атенеуме в Бухаресте. Он был объявлен «лучшим режиссером ХХ века в румынском кино». Эмиль Лотяну скончался 18 апреля 2003 года в больнице в Москве, похоронен на Ваганьковском кладбище в российской столице.
Эмиль Лотяну скончался 18 апреля 2003 года в больнице в Москве, похоронен на Ваганьковском кладбище в российской столице.
